A Fundação Gaspar Frutuoso foi instituída pela Universidade dos Açores em 4 de março de 1999 como pessoa coletiva de direito privado e fins de utilidade pública, tendo obtido tal reconhecimento, pela primeira vez, através da Portaria n.º 674/2000, de 13 de março, publicada no Diário da República, 2.ª série, n.º 92, de 18 de abril.
No seguimento da publicação da Lei n.º 1/2012, de 3 de janeiro, que determinou a realização de um censo a todas as fundações, nacionais e estrangeiras, visando a sua eventual extinção, e da Lei n.º 24/2012, de 9 de julho, também conhecida por Lei-Quadro das Fundações, que veio estabelecer os princípios e normas pelos quais se regem as Fundações, o Governo da República, fruto do parecer positivo do Governo Regional dos Açores, determinou a manutenção da Fundação Gaspar Frutuoso.
Tal decisão revestiu-se de grande importância para a Fundação, entretanto declarada novamente de utilidade pública por despacho do Presidente do Governo Regional dos Açores, datado de 27 de junho de 2013, assim como para a Universidade dos Açores cujo desenvolvimento, em particular no que respeita à investigação científica e tecnológica, muito deve ao papel desempenhado pela Fundação Gaspar Frutuoso desde a sua criação.
A Fundação Gaspar Frutuoso tem hoje uma estrutura capaz de responder aos desafios e às oportunidades criados pelos mais diversos programas de financiamento, regionais, nacionais e europeus, designadamente, no âmbito do novo quadro comunitário 2030. Dada a sua natureza, constitui-se como parceira estratégica da Universidade dos Açores na gestão de projetos e serviços de investigação e desenvolvimento, perspetivando-se a sua evolução no sentido de ser, ela própria, uma entidade promotora de projetos que sirvam a Academia e contribuam para o crescimento económico e o bem-estar social dos cidadãos.
Vinte anos após a sua visionária criação, a Fundação Gaspar Frutuoso continua a cumprir a sua missão.
